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- 蓝藻类分布很广，淡水、海水、内陆盐水、湿地、沙漠上都有。从高温温泉到冰雪上均可生存，但在温暖和有机物含量较高的水体中较多。蓝藻一般喜高温好强光，喜高pH和静水，喜低氮高磷。主要在淡水中生长，成为淡水中重要的浮游植物，在温暖的季节里常大量繁殖形成“水华”。在我国南方几乎一年四季都可以见到由蓝藻形成的“水华”。在盐碱水中蓝藻较多。微细蓝藻是海洋中具有重要作用的超微藻类（picophytoplankton）的重要组成部分。在水体的垂直分布一般表层大于表层，有假空泡的更是如此。水平分布上下风位多于上风位，静水易孳生。如水体开增氧机时较少有蓝藻，河流中蓝藻较少。
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形成水华的蓝藻主要有：微囊藻、鱼腥藻、色球藻、螺旋藻、拟项圈藻、腔球藻、尖头藻、颤藻、裂面藻、胶鞘藻、节球藻、束毛藻等十多个属。其中微囊藻水华极为常见，它是水体富营养化的标志，蓝藻水华发生时，散发腥臭味，夜间大量消耗水中溶解氧，死亡后产生羟氨或硫化氢，对水生动物有毒，破坏生态平衡，危害渔业，也使水的其他利用价值降低。在海洋沿岸带可形成束毛藻等蓝藻赤潮。
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蓝藻类有些种类具有固氮能力，特别是具有异形胞的种类。国内外正在从事利用蓝藻固定游离氮的研究，为农作物的肥源寻找新的途径。如稻田中接种培养固氮蓝藻——满江红鱼腥藻A.
azollae (与满江红共生)可增加水稻产量。有的蓝藻可作为水质的指示生物，如褐色管孢藻Chamaesiphon
fuscus 是清水的指示生物，泥生颤藻Oscillatoria
limosa则是水体污染的指示生物。
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- 有的蓝藻可食用，如发菜是我国的特产，出口外销。螺旋藻营养丰富，含有18种人体所需的氨基酸，以及维生素和微量元素。螺旋藻保健品早有销售，
- 蓝藻类作为鱼类饵料，以往认为属于不消化的种类。但在我国南方，蓝藻常年大量出现的鱼池，鱼类生长也良好。又如螺旋鱼腥藻（Anabaena
spiroides）: 据陕西水产研究所试验结果，对鲢鱼种饲养具有极为良好的效果。用同位素示踪法测定消化情况也表明能够被鱼体吸收利用的。所以那种认为蓝藻类是家鱼不能消化的概念，应予以重新评价。但是多数蓝藻，特别是那些小型的单细胞种类，消化性是比较差的。
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微囊藻的利弊和防治方法：如吉林省桦甸县。1988~1989年河道不通，死水，微囊藻生长。鱼生长较差，鱼长成大头鱼。一般用CuSO4
0.7 ×10-6 ~ 1×10-6也杀不死，因Cu过量也有毒，一般不提倡用之。用粉状生石灰在水面上泼洒，有一定效果，但治标不治本。
捞取一般不合算。生态防治更好些，秋末鞭毛藻类喜施有机肥，促进其繁殖，一直到春天，冬天扫雪、施肥，微囊藻被压制繁殖不起来。养鳗池中有少量微囊藻是有利的，一方面它通过光合作用产氧，另一方面，一些浮游动物因微囊藻的消化性差而生长不起来。
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备注
