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- 1. 体制：甲藻为单细胞，少数为丝状体或单细胞连成的各种群体。
- 2 . 形态：具2条鞭毛，可运动，细胞呈球形、卵形、针形至多角形等。有背腹之分，背腹扁平或左右侧扁。细胞前后端有的具角状突起。有些种类细胞可连成群体。
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- 3. 细胞壁构造：
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纵裂甲藻类，细胞壁由左右二片组成，无纵沟和横沟。
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横裂甲藻类，细胞裸露或具纤维素细胞壁，细胞壁由许多小板片组成。板片有时具角、刺或乳头状突起，板片表面常具孔纹。大多数种类具一条横沟和一条纵沟。横沟tranverse
furrow又称腰带，位于细胞中部或偏于一端，围绕整个细胞或仅围绕细胞的一半，呈环状或螺旋形。
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普遍为细胞分裂，纵裂甲藻亚纲和横裂甲藻亚纲的翅甲藻，以纵分裂生殖；横裂甲藻亚纲的其它种类为横裂生殖或斜分裂生殖。有些种类产生动孢子或不动孢子。夜光藻等具有同配生殖，三角角藻等具有异配生殖现象。
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仅一纲甲藻纲Pyrrophyceae。下分为横裂甲藻亚纲Dinokontae和纵裂甲藻亚纲Desmokontae。
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纵裂甲藻亚纲分为纵裂甲藻目和原甲藻目。
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横裂甲藻亚纲分5个目，最重要的是多甲藻目。
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甲藻分布十分广泛,海水、淡水、半咸水均有分布。多数种类生活于海洋中，几乎遍及世界各大海区，是海洋浮游生物的一个重要类群,在海洋生态系中占有重要的地位。甲藻通过光合作用，合成大量有机物，其产量可作为海洋生产力的指标。甲藻同硅藻一样，也是海洋小型浮游动物的重要饵料之一。
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淡水中甲藻的种类不及海洋多，但有些种类可在鱼池中大量生殖，形成优势种群，如真蓝裸甲藻是鲢鳙的优质饵料，素有“奶油面包”之称。光甲藻对低温，低光照有极强的适应能力，是北方地区鱼类越冬池中浮游植物的重要组成成份，其光合产氧对丰富水中溶氧，保证鱼类安全越冬有重要作用。
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某些甲藻是形成赤潮的主要生物，对渔业危害很大。由于引起赤潮的生物种类不同，其危害程度和方式也不同，夜光藻等赤潮种类，可使海水缺氧，堵塞动物的呼吸器官，而导致生物窒息。而有些甲藻可分泌毒素，毒害其它水生生物，如短裸甲藻Gymnodinium
breve分泌神经毒素，直接释放到海水中，使鱼、虾、贝类大量死亡。多边膝沟藻Gonyaulax polyedra则在藻体死亡后产生毒素，危害海洋生物。有些种类对鱼类、贝类不造成致命影响，但毒素可在它们体内积累，如果人类或其它脊椎动物食用了这些有毒鱼类、贝类就会发生中毒、死亡。
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