◆ 利用地热培育河蟹幼蟹当年养成商品蟹技术的研究，天津市教委科技发展基金项目（20010605）， 2001.01—2002.12，主持人，2003年结题
◆ “国际化意识教育的研究与实践”(A-1-3) ，天津市教委教改项目 2002.1-2005.12，主持人邢克智
◆ “水产养殖专业教学内容和课程体系的整体优化与实践”，天津市教委十五重点建设学科专业教改立项（B-2-71），2002.7-2005.6，主持人乔秀亭、邢克智等
◆ “养殖水体常见浮游生物致害密度发生机制的研究” 天津市教委 天津市水产生态和养殖重点实验室创新项目（2004BA29），2004.4—2007.4 ，主持人张树林
◆ “宝石鲈人工繁殖技术的研究” 天津市教委 天津市水产生态和养殖重点实验室创新项目（2004BA28），2004.4—2007.4，主持人乔秀亭
◆ “中华绒螯蟹现有种质资源群体遗传结构的研究” 天津市教委 天津市水产生态和养殖重点实验室创新项目（2004BA31），2004.4—2007.4，主持人王晓梅
◆ “水生生物学课程教学中培养学生创新能力的研究与实践”天津农学院教学研究与改革重点项目( A-03)，2006.5—2008.7，主持人张树林
◆“实践教学中培养学生创新精神和创新能力的研究”（06TG013）天津市高等教育学会“十一五”教育科学研究课题 2006.11.30 主持人张树林
◆ “国内外产学研结合人才培养研究”，天津市高等学校本科教学改革与质量建设计划项目主持人 2007.10—2009.10 主持人 张树林